DNA İzolasyonunda Saflık ve Konsantrasyon Nasıl Arttırılır?

DNA Saflığı:

DNA saflığının kötü çıkması her zaman için izole edilen DNA'nın çöpe atılması ve yeniden izole edilmesi anlamına gelmez. Eğer DNA'nın izole edildiği örnekler veya kullanılan tampon/kitler sınırlı miktardaysa ya da izolasyonun maliyeti ve süresi konusundan problem yaşanıyorsa DNA saflığı, ekstra birkaç deneysel adımla arttırılmaya çalışılabilir.

Konsantrasyon (yeteri kadar DNA izole edilebilecek doku/örnek varsa) ve saflık az ise:

Örneğin, bir bitkiden Edward's yöntemi ile izolasyon yapılmış ise bir dahaki deneyde Edward's yerine CTAB metodu tercih edilebilir. Eğer problem bitki dokunun parçalanmasında ise havanla daha güçlü olarak hücrelerin parçalanması gerekebilir. Ya da mümkünse ortama hücre duvarını parçalayan enzimler ilave edilebilir.

Başka bir örnek: Hayvan hücresinden DNA izole ettikten sonra SDS kullanmamıza rağmen yüksek protein kontaminasyonu tespit ettiğimizi varsayalım. Bunun sebebi lizis sonrası proteinlerin iyi denatüre edilememesi olabilir. Bu yüzden, tekrar edeceğimiz DNA izolasyonu aşamasında SDS'in proteinleri denatüre etme işlemine ilaveten, ortama Proteinaz K+ enzimi de dahil edilirse ortamdaki proteinler parçalanarak DNA'dan uzaklaştırılabilir.

Saflık Arttırma:

Yıkama işlemi DNA'dan safsızlıkların (tuz, fenol, protein gibi) uzaklaştırılmasında tercih edilir. Yıkama işleminin yanlış santrifüj rpm'inde gerçekleştirilmesi ya da uygun yıkama tamponu seçilmemesi DNA safsızlığını arttırabilir. Örneğin, etanol, izopropanol ya da metanol yıkama aşamasında tercih edilebilecek alkollerdir. DNA konsantrasyonu yeterli fakat safsızlık yüksek ise, DNA'yı kontaminantlardan uzaklaştırmak için alkol ve NaCl ile ek bir çöktürme işlemi uygulanabilir.

Ayrıca blank solüsyonu kirli olabilir. Örneğin, DNA'yı küvette ölçerken blank olarak kullandığınız sıvı kirli ise DNA'nızın olduğundan kirli görünmesine neden olacaktır. Blank olarak kullanılan sıvının doğru pH aralığında olması ve mümkünse DNA'nın çözdürüldüğü sıvıyla aynı olması daha iyi olacaktır.

Kaynak:

• https://geneticeducation.co.in/how-to-increase-dna-purity-and-yield/